Après le départ d’Abdoul Ba, c’est au tour de Yanis Merdji de quitter du club icaunais. Il rejoint la Berrichonne de Châteauroux jusqu’en juin 2021.
Peu utilisé depuis l’arrivée de Jean-Marc Furlan, Yanis Merdji aura finalement peu porté le maillot auxerrois. Il est apparu à 29 reprises avec les couleurs « bleue et blanche » en Ligue 2 pour 7 buts. En janvier 2020, il est prêté au Mans FC pour glaner plus de temps de jeu. Il aura finalement 7 matchs dans les jambes avant que la Covid-19 passe par-là. Dès le début de cette saison, il participe aux entraînements avec la réserve dans l’objectif de trouver un autre club. S’il revient avec l’équipe première, il ne sera pas appelé dans le groupe pour participer aux matchs de compétition. Il s’engage donc jusqu’à la fin de saison avec le club castelroussin. Il aura notamment comme coéquipier en attaque, Ylyas Chouaref, frère d’Hamza Sakhi.
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