Dans les dernières heures du mercato, Mathieu Michel a trouvé un point de chute en signant chez les Chamois Niortais., 5ème de Ligue 2. Il portera le n°1 et s’engage pour un contrat de 2 ans.
Arrivé à l’été 2018, Mathieu Michel prend la place de numéro 1 et succède à Zacharie Boucher, parti faire le chemin inverse en prêt. L’ex-portier angevin arrive en compagnie de l’attaquant Billy Ketkeophomphone. Cependant, il ne faisait plus parti des plans Jean-Marc Furlan, cette saison, en étant rétrogradé à la 3ème place dans la hiérarchie des gardiens après Donovan Léon et Sonny Laiton. N’ayant plus de gardien n°1 après le départ de Saturnin Allagbé à Dijon, c’est le club de Niort qui récupère Michel et le fait signer un contrat de 2 ans. Un bon challenge pour lui avec une équipe qui réalise un bon début de saison : 5ème du championnat avec 11 points en 6 matchs. A Auxerre, Michel aura joué 50 matchs et laisse un bon souvenir dans les têtes des supporters auxerrois.